Co stało się z Rapture, gdy bohater pierwszej części uratował dziewczynki, pobierające z ciał zabitych specjalną substancję do genetycznych mutacji (lub w alternatywnym zakończeniu zabił je) - tego dowiemy się z drugiej części gry. Poziomy, których akcja dzieje się po zakończeniu pierwszej części, mają mieć miejsce już na stałym lądzie.

"Bioshock 2" ma opowiedzieć również, co działo się przed pojawieniem się głównego bohatera w Rapture. Dowiemy się, jak sen szalonego miliardera, który miał dać podwodne schronienie największym umysłom ludzkości, zamienił się w piekło.

Twórcy gry nie zdradzają jednak, kiedy w drugą część jednej z najlepszych gier ubiegłego roku zagramy.